1 октября 1997 года известно как ДЕНЬ КОНЦА. Великая война охватывает земной шар и кладет конец цивилизации. Выжившие люди пришли к выводу, что они никогда не смогут повторить своих ошибок, и построили большую башню в небе, чтобы следить за миром и действовать соответственно, чтобы бороться со «злом». С тех пор прошло сто лет, и скрытая криогенная камера в горах оживает... Crystalis — это ролевая игра в жанре экшен сверху вниз. Начиная с криогенной камеры, игрок берет на себя роль таинственного героя, который должен раскрыть тайну башни. Персонаж может экипировать оружие, доспехи, щиты и шары или браслеты на свое тело и один предмет из своего инвентаря для использования в полевых условиях. Чтобы помочь герою в его поисках, четыре мудреца постепенно научат его наступательной и исцеляющей магии, для использования которой требуются MP. Главный герой также получит четыре стихийных меча, которые помогут ему продвигаться. Каждый меч можно зарядить для мощной дистанционной атаки; если найдены специальные предметы, эту атаку можно усилить на два дополнительных уровня. Герой получает опыт и золото за победу над монстрами. Опыт используется для получения уровней и улучшения статистики, однако для того, чтобы наносить урон определенным боссам, требуется минимальный уровень. Золото используется для покупки предметов в магазинах.