Сюжет Crysis Warhead разворачивается параллельно событиям оригинальной игры Crysis на вымышленных островах Лингшан в Филиппинском море возле побережья Китая. Главный герой, сержант Майкл Сайкс по прозвищу Псих, на протяжении всей игры пытается завладеть важным контейнером, который охраняет полковник Ли. В контейнере может быть ядерная боеголовка .