По сюжету Питеру Паркеру и Майлзу Моралесу, предстоит сразиться с суперзлодеями Крейвеном-охотником, Песочным человеком и Ящером, а также столкнуться с Веномом. Оба персонажа передвигаются по открытому миру в городе Нью-Йорк и противостоят различным преступникам. Игроки могут приобретать дополнительные способности и костюмы Человека-паука. Также в игре предусмотрена возможность переключаться между протагонистами во время свободного перемещения по открытому миру, однако у каждого из Людей-пауков есть собственные сюжетные и побочные миссии, для выполнения которых потребуются их специальные способности.
Действия игры происходят примерно спустя десять месяцев после событий спин-оффа Spider-Man: Miles Morales.