Действие сюжета игры начинается в 2001 году во время войны в Афганистане и продолжается до марта 2002. Разведгруппа спецподразделения ВМС США DEVGRU с позывным «Нептун» послана на встречу с афганским информатором Тариком, который имеет разведданные, необходимые ЦРУ. Отряд «Нептун» состоит из четырёх моряков со следующими позывными: Мама, Вуду, Монах и Кролик. Параллельно с «Нептуном» в Афганистане действует спецподразделение Армии США «Дельта», позывной «Волки». Её состав: Пантера, командир «Волков», Вегас, Дасти, наблюдатель группы, и Двойка, снайпер группы. Помимо них, главным героем является рейнджер 1-го батальона Данте Адамс из группы быстрого реагирования (QRF).
Сюжет игры основан на реальных событиях, произошедших во время операции «Анаконда» на горе Такур-Гар: погиб один «морской котик», три рейнджера из группы быстрого реагирования (QRF), один параджампер и «combat controller» ВВС США, а также член экипажа 160-го полка специальных операций США.