Сюжет игры повествует о том, что некая компания, управляющая огромными бурильными станциями по всей галактике, получает сигнал бедствия с космической платформы «Ишимура». Предположив, что произошла очередная поломка, на борт станции отправляется группа специалистов вместе с инженером Айзеком Кларком, в задачи которого входит поиск и последующий ремонт неисправностей. Однако, оказавшись на месте, они начинают понимать, что это был не обычный сигнал бедствия, а случилось что-то ужасное. Как выяснится позже, станцию захватила инопланетная форма жизни. Инопланетяне превратили экипаж станции в некое сырьё для создания собственных солдат. Теперь в коридорах, погруженной во мрак станции, царит пустота и кромешная тьма, нагоняющая леденящий ужас на нежеланных гостей. Но Айзек Кларк не намерен с этим мириться и вступает в поединок с неведомой угрозой.