События The New Order разворачиваются в альтернативной вселенной, в которой нацистской Германии, совершившей технологический скачок, удалось выиграть Вторую мировую войну. Начало игры происходит в 1946 году, когда главный герой, капитан Уильям «Би-Джей» Бласковиц, получает травму головы во время штурма немецкой крепости. Проведя 14 лет в вегетативном состоянии, герой приходит в себя в 1960 году и видит антиутопический мир, жёстко контролируемый нацистским режимом.