Дезмонд очнулся в первичной тестовой программе Анимуса, где уже находится 16-й (как выяснилось, его имя — Клэй Качмарек). 16-й объясняет ему, что Анимус пытается найти Дезмонда и удалить, как вредоносный вирус, а Клэй изо всех сил пытается предотвратить это. Дезмонд должен будет пережить последние воспоминания своих предков, и столкнуться со своим собственным прошлым, и если это ему удастся, то произойдёт синхронексус и он сможет выйти из комы.