Alien Shooter 2 привнес серию много изменений. Наемников на выбор дают больше – 8 человек. Сами они обзавелись именами, биографиями и уникальными навыками, вроде вампиризма и регенерации. Появилась возможность расстреливать и давить монстров на транспорте. Сюжет стал более внятным. Героя теперь часто сопровождают десантники.
История рассказывает о неудачных экспериментах корпорации М. А. Г. М. А. Она посылает бойцов в секретные лаборатории. Им необходимо разобраться с ордами тварей и добыть важную информацию. В повествовании присутствуют сценки с диалогами и дружественные NPC. Число и разнообразие противников тоже увеличилось. Вместе с этим возросло количество расчлененки и крови.
В ″Алиен Шутер 2″ богатый арсенал оружия. Тут 13 типов пистолетов, 7 дробовиков, 15 автоматов и пулемётов, 10 гранатомётов и ракетниц, 11 энергетических пушек, включая лучевые, ионные и лазерные. Среди них даже есть уменьшитель врагов и распылитель. Оружие и броню можно покупать и продавать в магазине.