Command & Conquer: Red Alert 2 представляет собой альтернативную историю, в которой Советская армия будет противостоять союзническим войскам. У последних теперь есть призменная технология, позволяющая строить новые юниты, которые атакуют сильно сфокусированными лучами света. Эта технология дает призматические башни для защиты и смертоносные танки для атаки. Отряды могут подпитываться общей силой, поэтому чем больше танков или башен расположено рядом, тем мощнее они становятся.
Параллельно в Command & Conquer: Red Alert 2 военно-морские силы обеих сторон были расширены. Советский флот обладает дредноутами, которые оснащены ракетами дальнего действия, быстро атакующими морскими скорпионами и даже гигантскими кальмарами, обученными опрокидывать вражеские корабли. Союзники противостоят противоракетным крейсерам Aegis, авианосцам и обученным атакующим дельфинам.