Действие Remnant: From the Ashes начинается на Земле — постапокалиптическом мире, восемьдесят лет назад захваченном ордой чудовищ под названием Корень.Безымянный игровой персонаж Remnant: From the Ashes отправляется к башне на острове — предполагаемому источнику чудовищ. Путь приводит его в Убежище 13 — подземный бункер среди руин города, где живут немногие выжившие. Руководитель Убежища, командир Форд, просит найти её деда, основателя Убежища. Двигаясь по его стопам, герой встречается с Матерью Корня — старухой, сросшейся с чудовищными корнями — и Хранителем, инопланетным существом, охраняющим вход в межпространственный Лабиринт: этим же путем когда-то прошёл и Основатель Форд.