В игре Watch Dogs 2 есть набор основных миссий, задания для подготовки к ним и побочные квесты. По структуре ключевые операции напоминают ограбление в GTA 5 и убийства в Assassin’s Creed 2[5]. Игрок может использовать различные методы выполнения заданий, выбирая между агрессивной тактикой, когда он расправляется с врагами с помощью оружия, изготовленного на 3D-принтере, взрывчатых устройств, например мин, или оружия ближнего боя — бильярдного шара с просверленным в центре отверстием для крепления верёвки. В качестве альтернативного варианта игрок может использовать стелс, позволяющий уклоняться от врагов или временно парализовать их с помощью электрошокера главного героя