Игра начинается с пролога, в котором действия разворачиваются за 20 лет до событий самой игры, с момента, когда Агент 47 только начал работать на ICA, где он знакомится со своим будущим связным — Дианой Бернвуд. Агенту предлагают пройти в огромном тайном комплексе ICA в Гренландии тренировочную миссию. Несмотря на исключительные показатели и великолепную подготовку агента, директор ICA Эрих Содерс настроен враждебно по отношению к нему — о прошлом нового агента ничего не известно.