Indiana Jones and the Emperor′s Tomb — это адвенчура с элементами шутера и слешера от третьего лица, в которой освещаются события 1935 года (до начала фильма). В Джунглях Цейлона, ставшими основной локации, Инди ищет Куру Вату. После находки, мы встречаемся лицом к лицу с крокодилом-альбиносом, которого натравил на нас нацист Альбрехт фон Бек. Мы успеваем скрыться с идолом. Позже события начинаются в Нью-Йорке. Маршал КНР Кай Ти Чан говорят Джонсу о Сердце Дракона. Эта черная жемчужина лежит рядом с самым первым императором Китая — Цинь Шихуанди. Ассистентка маршала открывает Куру Вату, и показывает нам первый фрагмент Зеркала Снов, с помощью которого можно войти в усыпальницу Хуан-ди.
Поскольку Джонс постоянно ищет приключений, он отправляется в Китай, чтобы проникнуть в усыпальницу, но, как оказалось, он не единственный знает о том, что теперь вход для него открыт. Альбрехт фон Бек намерен вернуть артефакт и зайти в усыпальницу. На протяжении всей игры после вылета с Нью-Йорка мы бу