Какие методы используются для генетического анализа микробиоты?
Какие методы используются для генетического анализа микобиоты? Самый первый и известный из молекулярно-генетических методов анализа микробиома — ПЦР. 🔬 При ПЦР извлекается ДНК всех микроорганизмов. Затем количество копий ДНК интересующих бактерий многократно увеличивают и подсчитывают, сколько копий получилось. Среди преимуществ ПЦР-метода — возможность анализировать любые бактерии с известной последовательностью ДНК и точность результатов. ❗️ Существенный недостаток: количество исследуемых бактерий ограничено. Поэтому ПЦР-метод не способен оценить всё разнообразие микробиоты, а ведь в толстой кишке может жить несколько тысяч видов микроорганизмов, хотя в панелях ПЦР оценивается всего 15–20 видов. 🧬 Эту проблему решает другой важный метод — секвенирование. На самом деле, это несколько типов исследований. Для анализа микробиома используется 16S рРНК секвенирование, или ампликонное секвенирование. Принадлежность копий ДНК к конкретным бактериям определяется при помощи цифровых алгоритмов биоинформатики. Благодаря этому можно полноценно определить и описать разнообразие всей микробиоты и даже выявить алгоритмы появления возможных патологий. ➡️ Для этого в Novabiom мы используем собственные базы данных. Что выбрать: ПЦР или секвенирование нового поколения? Как спрогнозировать влияние бактерий на организм? Позволяют ли эти методы определять мёртвые бактерии? ✅ Эти и другие вопросы разбирает руководитель отдела микробиологии сервиса Novabiom, кандидат биологических наук, микробиолог Софья Цветикова.
Какие методы используются для генетического анализа микобиоты? Самый первый и известный из молекулярно-генетических методов анализа микробиома — ПЦР. 🔬 При ПЦР извлекается ДНК всех микроорганизмов. Затем количество копий ДНК интересующих бактерий многократно увеличивают и подсчитывают, сколько копий получилось. Среди преимуществ ПЦР-метода — возможность анализировать любые бактерии с известной последовательностью ДНК и точность результатов. ❗️ Существенный недостаток: количество исследуемых бактерий ограничено. Поэтому ПЦР-метод не способен оценить всё разнообразие микробиоты, а ведь в толстой кишке может жить несколько тысяч видов микроорганизмов, хотя в панелях ПЦР оценивается всего 15–20 видов. 🧬 Эту проблему решает другой важный метод — секвенирование. На самом деле, это несколько типов исследований. Для анализа микробиома используется 16S рРНК секвенирование, или ампликонное секвенирование. Принадлежность копий ДНК к конкретным бактериям определяется при помощи цифровых алгоритмов биоинформатики. Благодаря этому можно полноценно определить и описать разнообразие всей микробиоты и даже выявить алгоритмы появления возможных патологий. ➡️ Для этого в Novabiom мы используем собственные базы данных. Что выбрать: ПЦР или секвенирование нового поколения? Как спрогнозировать влияние бактерий на организм? Позволяют ли эти методы определять мёртвые бактерии? ✅ Эти и другие вопросы разбирает руководитель отдела микробиологии сервиса Novabiom, кандидат биологических наук, микробиолог Софья Цветикова.